Libres de fertilizantes inorgánicos y pesticidas, estos alimentos son más saludables para el consumidor y para el medio ambiente. Los residuos de pesticidas y abonos inorgánicos contaminan las aguas y las tierras de cultivo y, en grandes cantidades, pueden ser perjudiciales para la salud.
Desde un punto de vista científico, es discutible que estos productos sean más nutritivos que los que proceden de explotaciones agrarias convencionales. Pero lo cierto es que la agricultura ecológica garantiza la protección del ecosistema agrario y potencia la fertilidad de los suelos sin agotar su capacidad productiva, es decir, fomentando el desarrollo sostenible. Entre otras cosas, porque es un sistema basado en el respeto de los ciclos de la naturaleza y propicia la no utilización de sustancias que mermen el valor nutritivo de los alimentos o que resulten perjudiciales para la salud del consumidor. El objetivo es, en definitiva, respetar el entorno natural y producir alimentos de calidad. Como contrapartida, el consumidor paga más, aunque no siempre se asegura que el sabor de estos alimentos sea mejor y mucho menos que es aspecto sea más atractivo.
No debemos confundir el término ecológico con otras expresiones como biológico, bio, orgánico o natural. Sólo son alimentos ecológicos los que tienen la etiqueta de "Producto Ecológico", que contiene un número de código del organismo controlador, el que asegura que los métodos de producción se ajustan a lo que establece la norma de la Unión Europea.